V roce 1998 angažoval Bayern Ottmara Hitsfelda, který tým táhl do roku 2004, a od té doby Bayern střídá trenéry jak na běžícím páse, následovalo tříleté angažmá Felixe Magatha, aby mohl Hitsfeld převzít klub znovu na sezónu a půl, poté jmenovitě Klinsmann, Heynckes, van Gaal, znovu Heynckes, který v sezóně 2012-13 vyhrál Bundesligu, Německý pohár a Ligu mistrů a poté pověsil taktické tabulky na hřebík, alespoň na pár let.
Nicméně tím rošády neskončily, za posledních dvacet let se na lavičce Bayernu objevilo 12 trenérů, nepočítaje několikadenní trenéry v podobě asistentů, někteří se dokonce objevili vícekrát jako zmíněný Ottmar Hitsfeld nebo Jupp Heynckes, který se do Mnichova podíval v posledních dvaceti letech hned třikrát jako hlavní kouč a působil jako záchranář v době, kdy byl vyhozen Jürgen Klinsmann, pomohl Bayernu dosáhnout na druhou příčku v Bundeslize, avšak strávil zde pouze několik měsíců, aby byl nahrazen Pepem Guardiolou. Podruhé byl už plnohodnotným trenérem od roku 2011-2013 po odchodu Louise van Gaala a potřetí po odchodu Carla Ancelottiho v roce 2019.
K dlouhodobé spokojenosti fanoušků a funkcionářů však nepřispěli ani již zmínění Pep Guardiola a Carlo Ancelotti a to i přes to, že první jmenovaný měl tři skvělé sezóny, ale bohužel nenašel recept na Ligu mistrů, kde skončil třikrát v semifinále, vypadl postupně s Realem Madrid, Barcelonou a ve své poslední sezóně s Atléticem Madrid. Kdyby zápas probíhal v dnešních podmínkách, tak nejen že by VAR zrušilo druhý gól Atlética, ale pravidlo gólů na hřišti soupeře, jež poslalo Bayern domů, už není v platnosti.
Slavný trenér střídal jiného slavného trenéra, Guardiolu nahradil Ancelotti, který toho moc nestihl předvést, odkoučoval totiž jen jednu celou sezónu, kde sice vyhrál Bundesligu jako jeho předchůdce, ale v Lize mistrů i kvůli tristnímu výkonu rozhodčích skončil ve čtvrfinále proti Realu Madrid, k tomu trénoval ještě část druhé sezóny, avšak již v září po prohře 0:3 s Paris Saint-Germain v základní skupině Ligy Mistrů se rozhodl ukončit smlouvu. Až, původně asistent vyhozeného trenéra Kovače, Hansi Flick v roce 2020 dokázal s Bayernem Ligu mistrů a s ní i dalších pět pohárů v jedné sezóně.
Bayern má dlouhodobý problém s obsazováním trenérského křesla, trenéři jsou pod obrovským tlakem funkcionářů, kdysi hlavně bývalého prezidenta klubu Uli Hoenesse a bývalého generálního ředitele Karl-Heinz Rummenigeho, kteří měli v klubu značný vliv. V roce 2019 Hoenesse nahradil v prezidentském křesle umírněnější Heiner Herbert, který se zatím zdá, že příliš do hráčské a manažerské politiky klubu nezasahuje, to ale zřejmě nebyl případ následovníka Rummenigeho Olivera Kahna na místě generálního ředitele, Kahn spolu se sportovním ředitelem Hasanem Salihamidžičem stáli v bezprostřední blízkosti u odvolání trenéra Juliana Nagelsmanna kvůli nespokojenosti se zařazením do kádru a výkony některých drahých posil a neshodám hráčů s trenérem.
Jmenován byl Thomas Tuchel, který již s Bayernem vedl jednání v roce 2018, avšak tehdejší prezident klubu Uli Hoeness jednání ukončil. Po letošních výsledcích, kondici, vztahům v kabině a herní výkonnosti týmu se už nikdo nemůže divit, proč ho Hoeness tehdy nepřijal, nejspíše měl tento zkušený prezident věděl, že Tuchelova taktika do herního systému Bayernu, který se všechny snaží smést dominancí a útočnou hrou, prostě neštymuje. Tuchelovy taktiky jsou víceméně defezivní, nikoliv dominantní a už vůbec ne útočné, spíše taková vyčkávací taktika, protiútoky, pět obránců, využití halfbeků a podobně. Vzhledem k tomu, že jeho taktiky nefungují, tak je jisté, že po letošní sezóně končí a tak nastává otázka, kdo se v létě Bayernu ujme?
Nejvíce se spekuluje o Julianu Nagelsmannovi, který by měl pořád zájem. Práce v Bayernu je jeho vysněným místem i přes to, jak se k němu Kahn se Salihamidžičem zachovali uprostřed skvěle rozehrané sezóny, kdy se musel v březnu 2023 rozloučit s více než 70 procentní výherností, stoprocentním bodovým ziskem v Lize mistrů a s pouhými třemi prohrami. Ale zůstává tu problém s jeho současným angažmá, tedy německou reprezentací, se kterou má jednat o prodloužení smlouvy až po výsledcích z letošního Eura v Německu.