Děj se tentokrát odehrává v Karibiku, tedy proslulé pirátské oblasti v Západní Indii. Hráči získají možnost prozkoumat zdejší vody na vlastním korábu, se kterým mohou vést námořní bitvy. Nechybí ani možnost hledání ztracených pokladů jak na pevnině, tak i v potopených vracích na dně Karibského moře.
Hlavním hrdinou je pirátský kapitán Edward Kenway, který je zároveň členem řádu asasínů. V příběhu se Edward potká s mnoha známými pirátskými postavami, mezi kterými nechybí Edward Teach alias Černovous.
Assassins Creed IV: Black Flag je ve skutečnosti šestým titulem v herní sérii Assassins Creed, které se prodalo ve světě k březnu 2013 přes 55 milionů kopií.