Druhou etapou má být zvýšení kapacity koryta řeky Moravy a přípravou na ni bylo právě již ukončené kácení dřevin. Padnout při něm mělo až několik set stromů podél řeky v úseku od železničního mostu nedaleko ulice Wittgensteinovy až po most v Komenského ulici.. "Konkrétně jsme povolili kácení 354 stromů a 14 skupin keřů o rozloze 1 613 m²," sdělil už dříve na oficiálním městském internetovém portále vedoucí odboru životního prostředí magistrátu Petr Loyka. Na vykácených místech se následně vysadí nové dřeviny byť v menším měřítku. Současnou zeleň má nahradit 245 stromů. Druhá část kácení stromů a keřů přijde na řadu v září.
Samotná realizace druhé etapy se plánuje na třetí čtvrtletí příštího roku a potrvá až do roku 2019. V rámci těchto úprav má pokračovat zvyšování kapacity koryta Moravy. Navazovat bude na první etapu. Její první částí byl obtokový kanál z teplárny dokončený v říjnu 2007 a druhou částí zahrnující rovněž úpravu koryta řeky. Ta byla ukončena v říjnu 2013.