Děj vychází z předlohy Michala Sýkory, kterou pro televizní podobu zpracoval scenárista Petr Jarchovský. Vyšetřovatelé pátrají po vrahovi zastřeleného docenta, který byl nalezen přímo v prostorách Univerzity Palackého. Detektivové postupně přichází na kloub mnohem zapeklitějšímu případu. Šlo vlastně o vyřizování účtů, když docent upozornil na podezřelé praktiky, které se týkaly přestavby Konviktu. Proto vyžadoval odvolání kvestora, a to se samozřejmě některým lidem nehodilo. Případ se nečekaně zvrtne, když vyšetřovatelé najdou další mrtvé tělo.
V příběhu hrají velkou roli peníze a vysoká postavení. V čtyřdílném filmu zůstává stejné obsazení herců hlavních detektivů, a to Klára Melíšková v roli šéfky vyšetřovatelů a detektivové, Miroslav Krobot, Stanislav Majer, Tereza Voříšková a Marek Taclík. Další role ztvárnili například Martin Huba nebo Jiří Lábus.
V poslední době se natáčí spousta nových kriminálek a u diváků sklízí velký úspěch. Sám režisér Modrých stínů Viktor Tauš o této sérii řekl: „Modré stíny jsou více thrillerem, neb napětí nevychází jen z toho, kdo je vrah, ale především z nemožnosti jeho usvědčení. Detektivové tu jsou postaveni před možná silnějšího protihráče, než jsou oni sami.“ Už jen samotné téma a místo příběhu k obrazovkám jistě přiláká nejednoho studenta Univerzity Palackého. Na své odvysílání ještě čekají dva díly, v nichž se diváci dozvědí rozuzlení napínavého případu.