V roce 1980 se stal členem KSČ (Komunistické strany Československa) a později se zjistilo, že pracoval jako důvěrník StB (Státní bezpečnosti). Údajně měl vystupovat pod krycím jménem „Bureš“. Spolupracovat měl do roku 1985, než ho jeho zaměstnavatelská firma Petrimex vyslala jako delegáta na 6 let do Maroka. Babiš tuto skutečnost odmítl potvrdit a řekl, že byl zapsán jako agent neoprávněně, celá kauza se řešila několikrát soudně. Dodnes se jednoznačně neprokázalo, kde je pravda.
V roce 1993 nastal zlom v Babišově kariéře. Tehdy se mu podařilo založit podnik, dnes už všem známy Agrofert. V současnosti největší český zemědělský, potravinářský a chemický holding. V roce 2013 Agrofert do svého portfolia přidal velký mediální koncern Mafra. Ten vydává mj. celostátní deníky Lidové noviny, Mladou frontu DNES a regionální Metro. Součástí jsou i tři televizní stanice, dvě rozhlasové stanice, zpravodajské servery a také virtuální mobilní operátor. 1. ledna 2014 došlo k rozdělení firmy na Agrofert a SynBiol (biopaliva). 20. ledna téhož roku se Babiš vzdal své funkce vedení Agrofertu a předal ho svěřenským fondům AB private trust I. a II., kde je správcem Zbyněk Průša. Poté nastoupil na pozici ministra financí.
Listopad 2011 se nesl ve znamení vzniku nové občanské iniciativy nazvané Akce nespokojených občanů. Ze které se později vytvořilo hnutí ANO a Babiš byl jeho prvním předsedou. Za hnutí kandidoval jako lídr v roce 2013 a 26. října byl zvolen poslancem parlamentu České republiky.
Před volbami 2017 rozdávali stoupenci hnutí ANO po celé republice brožuru, sepsanou Andrejem Babišem, s názvem: „O čem sním, když náhodou spím“. Mimo jiné prohlásil v rozhovoru s redaktorem deníku Právo, že by v případě volebního vítězství a svého premiérského angažmá odešel z politiky a již se nevrátil. Zdůvodnil to svým věkem a tím, že by pak chtěl mít chvíli normální život, věnovat se rodině i firmě. Následně byl opět zvolen poslancem.
6.prosince 2017 pověřil prezident Miloš Zeman Babiše sestavením nové vlády a jmenoval ho premiérem. Vláda však 16. ledna 2018 nezískala důvěru Poslanecké sněmovny a podala demisi, v níž vládla dál. Prezident Zeman 6. června 2018 jmenoval Babiše premiérem podruhé a 27. června i jeho druhou vládu. 12. července získala vláda důvěru a Babiš zůstal premiérem doteď.
V současnosti je náš od roku 2016 několikrát trestně stíhaný premiér terčem kritiky kvůli nejasnostem jeho kauz. Nejznámější je kauza „Čapí hnízdo“, ve které se jedná o dotační podvod ve výši 50 milionů. V lednu 2017 vyšlo najevo, že Babišovy příjmy mohly být vyšší, než jaké přiznal v majetkovém přiznání, a možná se též dopustil krácení daně. V kauze jde o to, že Babiš jako soukromá osoba koupil od Agrofertu korunové dluhopisy celkem za 1,5 miliardy se zúročením 6 % p.a., z jejichž úroků se podle tehdejších právních předpisů nemusí platit daň, a Babiš tedy vydělává nezdanitelných 90 milionů korun ročně. Výčet pokračuje únikem informací z ČEZu, ovlivňování finanční správy, médií i GIBS (Generální inspekce bezpečnostních sborů) a tak dále.
Aktuálně celé Česko žije Andrejem Babišem juniorem. Ten na začátku listopadu 2018 řekl reportérům TV Seznam Sabině Slonkové a Jiřímu Kubíkovi, že v souvislosti s kauzou Čapí hnízdo byl v roce 2015 unesen na Krym. Údajně se nemůže účastnit vyšetřování kauzy z důvodu špatného zdravotního (duševního) stavu.
Andrej Babiš starší k tomu 14. listopadu 2018 sdělil, že Andreje Babiše mladšího, podle vlastních slov kvůli tlaku médií, po vypuknutí kauzy Čapí hnízdo nechal odvézt Petrem Protopopovem na Krym kde pak oba pobývali. Z Krymu odeslal Andrej Babiš mladší e-mail policii ČR, že byl unesen. Policie případ k podzimu 2018 stále prošetřuje. Proběhly ohromné demonstrace za odstoupení Babiše po celé republice. Ten to ale ustál a pokračuje dále ve své funkci se slovy: „Nikdy neodstoupím, nikdy!“.
Kdo je vlastně premiér našeho státu? V čem všem může být zapletený? Jedná se o manipulátora nebo oběť? Úplnou pravdu se snad někdy dozvíme. Otázek kolem Babiše je nespočet, avšak tou zásadní zůstává, zda má trestně stíhaný člověk právo být na tak vysokém postu a mít moc rozhodovat o vládě, fungování naší republiky a ovlivňovat osudy miliónů lidí.