Do druhého kola postoupili Ivan Bartoš s 569 hlasy a europoslankyně Markéta Gregorová s 455 hlasy z celkového počtu 820 hlasujících. V prvním kole mají členové možnost hlasovat pro vícero kandidátů, v kole druhém mají již jeden hlas. Vítězem se pak stal tedy Ivan Bartoš s 556 hlasy a poražená Markéta Gregorová se stala místopředsedkyní. „Nemyslím si, že předsednictví je něco garantované navždy nebo co funguje jenom kvůli tomu, že mám dredy a dobrou vyřídilku,“ uvedl Bartoš po znovuzvolení. Po vyhlášení výsledků poděkovala za hlasy i Gregorová. „Společně jsme zase jednou udělali před zraky celé České republiky reklamu na moderní vnitrostranickou diskusi.“
V debatě se setkaly dva názory, neboli dvě křídla - Bartoš, který chce ve vládě nadále zůstat a Gregorová, která kritizuje spojenectví s ODS a konzervativci a zastává názory i těch členů, kteří z vlády chtějí odstoupit. Ovšem i přest tyto snehody uvedla Gregorová, že mít dvě křídla není špatné: „Kdo má dvě křídla, může létat. Každý má jinou představu, ale důležité je, že se všichni shodneme, že chceme Piráty silnější.“ Při debatě ale Bartoš řekl, že setrvání ve vládě do konce volebního období není tak jisté. „Příkladem je, kdyby měl projít ústavní zákon o ukotvení manželství jako jediného možného svazku muže a ženy. To jsou odklony od toho, co jsme i ve společném vládním prohlášení jako strany dali. Ale nejdřív bychom se o tu věc servali.“
Kromě předsedy se volili i místopředsedové, tedy spíše místopředsedkyně - všechny čtyři posty obsadily ženy. Místopředsedkyněmi se staly poslankyně Klára Kocmanová, Jana Holomčík Leitnerová, Dominika Poživilová Michailidu a Markéta Gregorová.