Biologická diverzita Bajkalu je až neuvěřitelně bohatá – v jezeře žije téměř 3600 druhů rostlin a živočichů. Tyto druhy jsou převážně endemitní, což znamená, že se vyskytují pouze na jednom specifickém místě. Teď jsou však v ohrožení. V průběhu let se z Bajkalu stala významná turistická atrakce, z čehož pochopitelně těží obyvatelstvo vesniček na jeho březích a nabízí návštěvníkům ubytování ve svých domech. Na jezero má však turismus drtivý dopad. „Jsem na 150% přesvědčený, že důvodem znečištění jezera jsou odpadní vody z měst a obcí na březích Bajkalu, zvláště detergenty s fosforečnany,“ sdělil ruský biolog Oleg Timoškin agentuře AFP.
Původní druhy proto rychle mizí, například síh omul, ryba z čeledi lososovitých žijící pouze v Bajkalu. Během posledních 15 let se jeho počet snížil na méně než polovinu, a to kvůli neustále se rozmnožujícím řasám šroubatkám (Spirogyra). Ty hubí nejen omuly, ale i měkkýše a korýše, kterým kradou kyslík. Jsou už tak rozšířené, že pokrývají i písečné pláže, na nichž tvoří hustý zelený koberec.
Dalšími příčinami této situace jsou podle expertů převážně klimatické změny, v menší míře pytláctví. Anatolij Mamontov, jeden z místních biologů, britskému deníku the Guardian vysvětlil: „Kvůli suchu klesá hladina řek, které jsou přítoky jezera. Bajkal se na hladině zahřívá a například omul nemá teplou vodu rád.“ Ruská vláda proto pro jistotu začátkem října lov omulů, kteří byli po staletí oblíbenou a vyhledávanou pochoutkou, zcela zakázala, aby tak zabránila jejich vyhubení. Alespoň částečným řešením by dále podle vědců mohlo být omezení používání fosfátů a vybudování efektivních čističek odpadních vod.
Na ochranu jezera vláda v roce 1999 přijala zvláštní zákon, v roce 2012 dokonce program na čištění odpadních vod. Ten financovala z vlastní pokladny, 26 miliard rublů však podle místních šlo na zbytečnosti, nebo je rozkradli. Například ve městě Babuškin, ležícím přímo na břehu Bajkalu, postavili čističku. Bakterie, které mají vodu čistit, však nepřežijí v ledové vodě během sibiřských zim a čistička tudíž nefunguje. Poslední kapkou je snížení výdajů na vědecký výzkum Bajkalu. Oba biologové Timoškin i Mamontov tento počin přirovnali k odvolání lékaře během epidemie neštovic. Je pravdou, že překonání tohoto období může totiž být pro záchranu Bajkalu zásadní.