Cílem projektu je záchrana kulturního dědictví, které zde zanechal architekt Jan Blažej Santini-Aichel. Výsledem rekonstrukcí tedy bude plnohodnotná obnova původní technické a architektonické podoby stavby. Po devastujícím požáru v roce 1784, který zničil ambit i střechu, se nepodařilo vrátit kostel do původního stavu, střecha byla pouze provizorně nahrazena. „S opravou se pravděpodobně spěchalo, takže nezbyl čas na Santiniho preciznost“, vysvětluje Vladimír Záleský, farář Žďárské farnosti, která nyní památku spravuje.
Revitalizace stavby má několika etap. Začalo se opravou interiéru. Konkrétně soch, štukové výzdoby a oken. Ta totiž při poslední rekonstrukci v roce 1922 dělníci částečně zazdili. Farnost plánuje zrenovovat kovové rámy a doplní je vitráží. Do kostela by se měla vrátit také původní podlaha, kterou kameníci poskládají do geometrických tvarů. Od jara letošního roku pracují stavbaři na venkovní omítce. V místech někdejšího hřbitova, mezi kostelem a ambitem, dojde k obnovení poutní loučky, stejně jako tomu bylo dříve.
Římskokatolická farnost na opravu získala evropskou dotaci ve výši 42,7 milionu korun. Část peněz darovali návštěvníci a farníci, přispělo také město Žďár nad Sázavou. Ze stejného dotačního programu by farnost chtěla získat další peníze na opravu ambitů.
Poutní kostel svatého Jana Nepomuckého na Zelené hoře se datuje do závěrečné fáze Santiniho tvorby a je jedním z jeho vrcholných děl, zároveň patří k nejobdivovanějším. Lze jej považovat za nejzralejší autorovo dílo. Tento skvost ročně navštíví přibližně 36 tisíc návštěvníků. Návštěvní provoz zůstává beze změny, stavbaři se snaží přizpůsobit práci návštěvním hodinám.