Navečer 9.června byly Lidice obklíčeny jednotkami německé armády a policie, nikdo nesměl obec opustit. Starosta musel vydat všechny cennosti obce, po půlnoci byli obyvatelé vyváděni ze svých domovů. Brzy ráno 10. června kontroloval likvidační plán sám Frank. Ženy a děti byly odvezeny do Kladna, všichni muži ve věku od 14 do 84 let ihned popraveni. Celkem jich bylo 173. Všechny domy byly zbourány, stromy pokáceny tak, aby byla – podle záměru – obec zcela zničena a vymazána z mapy. 12. června bylo všech 184 lidických žen odtrženo od svých dětí a odvezeno do koncentračního tábora Ravensbrück. Některé menší děti byly vybrány k poněmčení a poslány na adopci do Německa, 88 dětí zahynulo ve vyhlazovacím táboře Chełmno ještě téhož dne. Tragédie pokračovala 16. června, kdy bylo v Praze popraveno 26 lidických mužů i žen, kteří v době likvidace nebyli doma.
Došlo k vyhlazení Lidic, obce, která měla 104 domů a 503 obyvatel. Tento zločin měl ihned politickou i lidskou odezvu ve světě. Vlády Francie i Anglie uznaly Mnichovskou dohodu za neplatnou, ve světě byly obce přejmenovány na Lidice, dokonce toto jméno dostávaly právě narozené děti jako symbol odporu proti německému násilí.
Po druhé světové válce se vrátilo 143 žen a 17 dětí z Německa. Místo, kde stála původní obec, je prohlášeno národní kulturní památkou, je zde muzeum a bronzové sousoší, připomínající zavražděné lidické děti. Po válce vyrostly poblíž tohoto smutného místa nové Lidice.